تتضمن رقابة الهيئة على تلك الشركات التأكد من حصولها على المواد الخام من مصادر معتمدة تطبق معايير واشتراطات سلامة الغذاء حيث تشترط الهيئة قيام المصانع والشركات بتسجيل قائمة مورديها بالهيئة.

تخضع تلك الشركات لرقابة دورية من قبل الهيئة تتضمن تنفيذ زيارات غير معلنة للتأكد من استمرارية هذه الشركات في الالتزام بتطبيق الاشتراطات الصحية.

يتم تحليل عينات الغذاء في معامل معتمدة طبقاً لأحكام قانون الهيئة المشار إليه أعلاه، وتتضمن تلك الاختبارات ما يلي:

- اختبارات الملوثات الكيمائية (متبقيات المبيدات، المعادن الثقيلة، المواد المضافة غير المصرح بها) طبقا للقواعد الملزمة الصادرة عن الهيئة القومية لسلامة الغذاء.

- اختبارات الملوثات الميكروبية التي تضمن السلامة الميكروبيولوجية، طبقا للقواعد الملزمة الصادرة عن الهيئة القومية لسلامة الغذاء، بالإضافة الى خلوها من فيروس الالتهاب الكبدي أ.

كما تقوم الهيئة بالحوار والتواصل مع الموردين والمصدرين على نطاق واسع بهدف توعيتهم باشتراطات التسجيل لدى الهيئة القومية لسلامة الغذاء النهج الجديد الذى تتبناه الهيئة .

تقوم الهيئة بضم الشركات والمصانع التي تتوافق مع متطلبات سلامة الغذاء التي تضعها الهيئة إلى ما يعرف بالقائمة البيضاء لمنشآت الأغذية متضمنه المنتجات التي استوفت النظام على أن يتم تحديث هذه القائمة بصفة مستمرة متضمنه انواع أو أصناف المنتجات.